Комиссия берется, зависит скорее всего от банка, в котором обслуживается магазин. Так в Газпроме получается порядка 2%.
Ну такая комиссия берется достаточно редко, насколько я знаю.
Обычно про оплате картой берется только комиссия, назначенная эмитентом карты.
А иногда в магазинах бывают даже скидки при оплате картой
PS. Еще с прошлого года при оплате мастеркард в некоторых магазинах может браться маленькая комиссия собственно мастеркард.